PRESENCIA DEL SUGARCANE YELLOW LEAF VIRUS EN Saccharum SPP. EN MÉXICO Y FILOGENIA DE UN AISLADO DE COLIMA
La caña de azúcar es uno de los cultivos industriales más importantes a nivel mundial y es afectado por diversas enfermedades virales, incluido el Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV). En México este virus se ha detectado basado en sintomatología y °Brix; sin embargo, el diagnóstico basado en estos parámetros no es concluyente. El objetivo del estudio fue detectar la presencia y distribución del SCYLV en zonas cañeras del Occidente de México (Colima, Jalisco y Nayarit) y determinar el origen filogenético de un aislado de Colima. El trabajo se desarrolló en el Campo Experimental Tecomán durante 2013-2014. Se aisló el RNA total a partir de hojas colectadas y se realizaron las RT-PCR con oligonucleótidos específicos para SCYLV. En total se analizaron 233 muestras y la incidencia de plantas portadoras del SCYLV fue de 14.6%, afectando principalmente a los híbridos CP 72-2086, Mex 69-290 y Atemex 96-40. El análisis BLAST mostró que la secuencia parcial CP de Colmex-317 (512 pb) es homóloga con secuencias de Brasil, China, India, Kenia y USA y además comparte porcentajes de identidad superiores a 99% con otras secuencias provenientes de varios países. El análisis filogenético de Colmex-317 con secuencias parciales y genomas completos del SCYLV aislados de diversas partes del mundo reveló que el aislado mexicano pertenece al genotipo de Brasil (BRA) y se agrupó con secuencias de Brasil, China, Kenia y Sudáfrica. Sin embargo, es necesario evaluar un mayor número de aislados y secuencias de mayor longitud para determinar si el genotipo BRA es el único presente en México.
PRESENCIA DEL SUGARCANE YELLOW LEAF VIRUS EN Saccharum SPP. EN MÉXICO Y FILOGENIA DE UN AISLADO DE COLIMA
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DOI: 10.37572/EdArt_2602237989
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Palavras-chave: SCYLV, RNA, RT-PCR, Saccharum spp.
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Keywords: SCYLV, RNA, RT-PCR, Saccharum spp.
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Abstract:
Sugarcane is one of the most important industrial crops worldwide and is affected by different viral diseases, including Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV). In Mexico this virus has been detected based on symptomatology and °Brix; however, the diagnosis based on these parameters is not conclusive. The objective of this work was detect the presence and distribution of SCYLV in sugarcane crops of western Mexico (Colima, Jalisco and Nayarit) and determine its phylogenetic origin of an isolate of Colima. This work was developed in the Campo Experimental Tecomán during 2013-2014. The total RNA was isolated from collected leaves and the presence of SCYLV was detected by RT-PCR using a pair of specific primers. In total, 233 samples were analyzed and the incidence of SCYLV in sugarcane plants was 14.6%, mainly affecting CP 72-2086, Mex 69-290 and Atemex 96-40 hybrids. The BLAST analysis showed that the partial CP sequence of Colmex-317 (512 bp) is homologous with sequences from Brazil, China, India, Kenya and USA and also shares identity percentages over 99% with other sequences from several countries. The phylogenetic analysis of Colmex-317 with partial sequences and complete genomes of SCYLV isolated from different parts of the world revealed that the Mexican isolate corresponds to the Brazil (BRA) genotype and formed a cluster with sequences from Brazil, China, Kenya and South Africa. However, it is necessary to evaluate a larger number of isolates and longer sequences to determine if the BRA genotype is the only one present in Mexico.
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Número de páginas: 20
- Manuel de Jesús Bermúdez Guzmán
- María Inés Barbosa Villa
- Karina de la Paz García Mariscal
- Claudia Yared Michel López